L’examen anatomo-pathologique n’est pas un traitement, il permet de faire le diagnostic du type de l'anomalie en analysant au microscope les cellules et les tissus, prélevés. Il donne des informations précises concernant le type de cancer du sein et ses caractéristiques. En fonction des caractéristiques propres à chaque cancer, le traitement sera adapté par le médecin. L’examen anatomo-pathologique nécessite quelques jours (10 à 15 jours en général) entre l'envoi du prélèvement, l’analyse du tissu et la rédaction du compte rendu par le médecin. Ce délai augmente s'il est nécessaire de compléter l'examen de base par des tests supplémentaires, par exemple un dosage des récepteurs hormonaux. Il n’est pas possible d’obtenir les résultats des examens anatomo-pathologiques directement par le laboratoire. Celui-ci communique toujours les résultats au médecin qui a demandé cet examen. C'est lui qui informe la patiente des résultats. 

Cela consiste à prélever des cellules, à l’aide d’une aiguille, à travers la peau, au niveau de l’anomalie. Les cellules prélevées sont alors examinées au microscope. Peu douloureuse et rapide, cette technique ne nécessite pas d'anesthésie locale ; Elle peut être réalisée dans l’établissement choisi par la patiente ou indiqué par le médecin. Parfois, il est difficile de repérer la zone à ponctionner ainsi, une échographie peut être nécessaire pour guider le médecin qui effectue le prélèvement. Cependant, cette ponction n'est pas toujours suffisante pour établir le diagnostic car elle permet seulement de prélever des cellules et non des tissus. Il est alors nécessaire de réaliser une biopsie qui permet de prélever des fragments de tissu au niveau de l’anomalie. 

Une microbiopsie est une autre technique de prélèvement : à l’aide d’une aiguille à travers la peau; le médecin enlève quelques fragments de tissu au niveau de l’anomalie. Les tissus prélevés sont alors analysés au microscope. La microbiopsie est réalisée en même temps qu’une mammographie ou une échographie mammaire. (c’est ce qu’on appelle une " microbiopsie sous stéréotaxie ") L’imagerie permet de guider le médecin, notamment lorsque l’anomalie n’est pas palpable. Il peut être ainsi le plus précis possible.

• Les microbiopsies nécessitent une anesthésie locale et une petite incision de la peau (cinq à dix millimètres)
• les aiguilles employées pour effectuer des microbiopsies sont plus grosses que celles utilisées pour les ponctions, de l’ordre de 2-3 mm
• cette technique n'est pas très douloureuse, mais elle est parfois ressentie comme inconfortable du fait de la compression du sein nécessaire à la mammographie
• l'examen dure trente minutes en moyenne
• un simple pansement compressif ou de la glace (qui ne doit pas être en contact direct avec la peau) permet ensuite d'éviter un bleu (hématome).

L’aspirine, les anti-inflammatoires et les traitements anti-coagulants favorisent les saignements. C’est la raison pour laquelle la patiente doit toujours informer son médecin de tout traitement en cours. Il lui indiquera s’il est nécessaire d’arrêter ce traitement et le cas échéant, combien de temps avant l’examen. 

C'est une technique de prélèvement grâce à laquelle le chirurgien enlève une petite anomalie non palpable du sein. La macrobiopsie permet d’analyser au microscope des tissus de l’anomalie.

• cette technique nécessite une anesthésie locale sans hospitalisation
• elle est effectuée dans un bloc opératoire
• l’intervention se fait sous " stéréotaxie ", c'est-à-dire que le radiologue réalise en même temps une mammographie qui guide le prélèvement.

Les précautions sont les mêmes que pour les microbiopsies. Après la macrobiopsie, la femme retourne chez elle sans surveillance particulière. 

Ce prélèvement consiste à enlever l’anomalie trouvée dans le sein, puis à l’analyser au microscope. Le prélèvement est réalisé par un chirurgien au bloc opératoire. Le plus souvent sous anesthésie générale. Quand l’anomalie découverte sur la mammographie n’est pas palpable à l’examen clinique, une nouvelle mammographie est effectuée au cours de laquelle un fil de métal est mis en place : il aidera le chirurgien à repérer l'anomalie pendant l'opération et le guidera lors du prélèvement. Lorsque le chirurgien a réalisé la biopsie, il fait examiner l’anomalie immédiatement au microscope par le médecin anatomo-pathologiste. C’est ce qu’on appelle un examen extemporané. Les résultats de cet examen, reçus au cours de l’opération, permettent de dire s’il s’agit ou non d’un cancer. En fonction des résultats, le chirurgien adapte le type de chirurgie. Avant toute biopsie chirurgicale, le chirurgien informe systématiquement la patiente de la nécessité d’adapter la chirurgie en fonction des résultats de l’examen extemporané. C’est uniquement après avoir obtenu l’accord de la patiente que le chirurgien réalise l’opération. L’examen extemporané ne remplace pas l’examen anatomo-pathologique définitif qui est systématiquement réalisé après l’opération. Parfois, les résultats de l’examen anatomo-pathologique définitifs rendent nécessaire une nouvelle opération. Une consultation pré-anesthésique est obligatoire avant tout acte chirurgical. Le médecin anesthésiste interroge la patiente sur ses antécédents médicaux et chirurgicaux. Il est important qu’elle lui signale tout problème de santé, en particulier allergies (asthme, eczéma, rhume des foins, etc.), problèmes cardiaques (hypertension par exemple), prise de médicament, etc. Cette consultation comporte également une prise de sang, un électrocardiogramme et éventuellement une radiographie pulmonaire. Généralement, la biopsie chirurgicale nécessite une hospitalisation durant 3 à 4 jours. Parfois, avec les techniques de chirurgie dite " ambulatoire ", il est possible d’effectuer ce prélèvement en étant hospitalisée une seule journée. Tout dépend de l'organisation de la structure de soins où se rend la patiente.